15 мая 1988 года первые советские части начали покидать Афганистан в рамках процесса вывода войск.
14 апреля 1988 года в Женеве (Швейцария) между министрами иностранных дел Пакистана и Афганистана при посредничестве ООН и участии США и СССР в качестве гарантов были подписаны соглашения по афганскому урегулированию. СССР обязался вывести из Афганистана свой контингент в девятимесячный срок, США и Пакистан должны были прекратить поддерживать моджахедов. К моменту подписания соглашений численность контингента СССР в Афганистане достигала 100,3 тыс. человек.
Вывод советских войск из Афганистана происходил в два этапа. С 15 мая по 15 августа 1988 года более 50 тыс. солдат и офицеров 40-й армии покинули Джелалабад, Газни и Гардез на востоке, Кандагар и Лашкаргах - на западе, Файзабад и Кундуз - на северо-востоке страны. С декабря 1988 года по 15 февраля 1989 года была выведена вторая половина воинских частей 40-й армии. 4 февраля последнее подразделение 40-й армии покинуло Кабул, к 8 февраля были сняты сторожевые заставы на дороге Кабул - перевал Саланг. Через два дня эта трасса была передана под охрану афганских правительственных войск. На западном направлении советские подразделения 4 февраля оставили Шинданд и 12 февраля - Герат. С 11 до 14 февраля на территорию Туркестанского военного округа были выведены все части, находившиеся на участке от перевала Саланг до Хайротона. Вывод 40-й армии был завершен 15 февраля 1989 года, последними Афганистан покинули командующий армией генерал-лейтенант Борис Громов и пограничные отряды прикрытия.
В октябре 1991 года советское руководство приняло решение прекратить с 1 января 1992 года военную помощь афганскому правительству. В апреле 1992 года режим Наджибуллы пал (сам он был убит), власть перешла к переходному совету моджахедов, провозгласившему Исламское Государство Афганистан. В ноябре 1994 года в вооруженную борьбу за власть в стране вступило радикальное исламское движение "Талибан" (запрещено в РФ), позднее талибы заняли Кабул и провозгласили Исламский эмират Афганистан.
Всего, по данным Минобороны РФ, в период с 25 декабря 1979 года по 15 февраля 1989 года на территории Афганистана прошли военную службу 620 тыс. советских военнослужащих. Из них 525,2 тыс. (в т. ч. 62,9 тыс. офицеров) служили в составе 40-й армии, 90 тыс. - в пограничных и др. подразделениях КГБ СССР, 5 тыс. представляли Министерство внутренних дел (МВД) СССР. Кроме того, на должностях гражданского персонала в войсках находились около 21 тыс. человек.
Согласно статистическому исследованию под редакцией генерал-полковника Григория Кривошеева "Россия и СССР в войнах XX века", общие безвозвратные людские потери советской стороны в афганском конфликте составили 15 тыс. 51 человека. Органы управления, соединения и части Советской армии потеряли 14 тыс. 427 человек, подразделения КГБ - 576 человек, формирования МВД СССР - 28 человек. Другие министерства и ведомства (Госкино, Гостелерадио, Минстрой и др.) потеряли 20 человек. За этот же период в Афганистане пропали без вести или оказались в плену 417 военнослужащих, из них в ходе конфликта и в последующие годы не менее 130 человек были освобождены.
Свыше 200 тыс. военнослужащих ОКСВ а также рабочих и гражданских служащих были награждены орденами и медалями. 86 советским военнослужащим за проявленные мужество и героизм было присвоено звание Героя Советского Союза (25 - посмертно). По официальным данным, в боях было потеряно 147 танков, 118 самолетов, 333 вертолета, 1 тыс. 314 бронемашин и 433 артиллерийских системы.